在花卉育种上，主要在胚胎培养、单倍体育种、体细胞杂交和植物基因工程等方面应用较多，此外还可采用愈伤组织诱变、花粉培养等多种方法来进行花卉育种。通过组织培养，可缩短育种年限和世代，也有利于基因突变中隐性突变的分离。百合、鸢尾等许多花卉可以进行远缘杂交，由于生理代谢等方面的原因，常使杂种胚早期败育，因而得不到杂种植物。而在试管中进行胚培养，可使其顺利生长，得到远缘杂种。

　　

　　运用组织培养，苗木的复壮过程很明显，对于长期运用无性方法繁殖并开始退化的花卉品种，如康乃馨采用组培方法繁殖，可使个体发育向年轻阶段转化。

　　

　　一些用无性繁殖方法来繁衍的花卉种类如康乃馨、菊花、郁金香、唐菖蒲、水仙、百合、鸢尾、大丽花等，靠无性繁殖不能通过种子途径去除病毒，病毒逐代传递积累，危害日趋严重，影响了花卉的观赏效果。而花卉植物0.1～0.5mm大小的生长点区几乎不含或含少病毒，因为该区无维管束，病毒难以进入，把这个区从植株母体分离培养，得到的基本上是无病毒苗，为获得无病毒植株的重要途径。

　　

　　很多无性繁殖的植物因没有种子，无法长期保存，其种质资源传统上只能在田间种植保存，耗费人力物力，且资源易受人为因素和环境因素影响而丢失。而用组培方法保存，可大大节省人力、物力，并延长保存期，保证种质资源不会突变和流失。