确定品种、目的和产能。首先组培室的设计应该考虑想要生产的品种，这点大家往往并不是很重视。很多人以为建设一个组培室，将来是可以生产很多甚至是所有的任何植物品种。这是常见的误区。其实不同植物的品种其组培特性也是不同的，培养周期是不同的，培养条件也是不同的。不根据品种特性而盲目的设计会对将来的空间利用、生产效率、环境控制以及生产成本等造成难以估量的影响。其次还要考虑生产的目的，是快速扩繁?还是种苗脱毒?是销售瓶苗、半成苗还是销售成苗?这些都需要在设计阶段充分考虑，不同的目的对于组培工厂的布局设计也是不同的。再者就是产能，结合品种、市场、自身条件设定目标产能，根据产能终确定组培工厂的规模。

　　

　　合理空间布局，提高工作效率。一个好的空间布局至少应该满足以下几个基本的条件：一是有完备的功能间，可以进行流水化作业;二是能够区分人流及物流通道，避免交叉。三是有洁净控制区与非控制区之分，区域之间有相应的过度措施。

　　

　　根据规模，合理选材，降低建设成本。净化材料、铝合金+玻璃、环氧地坪、PVC地板、洁净灯具……用于组培工厂的装修材料有很多。我们应该根据组培工厂面积、资金预算、预设产能等综合考虑选择何种材料进行主体的装修。找到优组合，实现优的投入产出比。

　　

　　区域洁净处理，降低培养过程中的污染率。组培过程中的污染是任何组培工厂都不能回避的问题。因此无论规模大小与否，都应该建立相应的洁净控制区。当然不同的规模、不同的投资可以选择不同的方式(管道式通风净化处理、移动式自行净化处理、FFU式区域净化处理、新风换气式净化处理、……)

　　

　　合理的暖通设计，降低运营成本。根据组培工厂的规模设计相应的暖通布局，暖通设计，其实主要考虑的空调制冷和温度的均匀度，培养室是重点。规模大的、能够快速进入规模化生产的可以考虑集中式中央空调设计。但是对于小规模、且目标不明确或者说不能快速进入生产状态的组培工厂通常建议使用分体式空调设计，这样在前期的生产过程中，运营成本会降低很多。

　　

　　重视消防设计，杜绝火灾等安全隐患。任何形式的工厂这点都是在设计阶段必须要考虑的。装修材料、线路设计、应急通道、安全门……等事关安全的因素必须都要考虑在内。